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En algunos centros de atención se realizan trasplantes de compatibilidad media (trasplantes haploidénticos) para aquellas personas cuyo donante es un familiar que no es altamente compatible. Esta técnica se usa más comúnmente en niños, donde por lo general el donante es uno de los padres, aunque también es posible que un hijo sea donante para uno de sus padres. La mitad de los factores HLA serán perfectamente compatibles, mientras que la otra mitad no lo serán, por lo que el procedimiento requiere de un método especial para deshacerse de los glóbulos blancos que puedan ocasionar la enfermedad injerto-contra-huésped. No es muy común que se lleve a cabo este procedimiento, pero está siendo estudiado en algunos centros en los Estados Unidos. Los investigadores continúan aprendiendo sobre nuevas maneras para conseguir resultados eficaces con los trasplantes haploidénticos.